El centrocampista brasileño Guimaraes estaría en el punto de mira del Arsenal, que habría presentado una oferta de 70 millones de libras (81 millones de euros).
Guimaraes se encuentra actualmente de vacaciones tras la eliminación de Brasil en octavos de final del Mundial ante Noruega a principios de julio.
El jugador de 28 años tiene previsto reincorporarse al Newcastle el viernes 31 de julio, antes de la concentración de pretemporada del club en España.
Pero el interés del Arsenal por Guimaraes está generando un dolor de cabeza para Howe, quien perdió a Alexander Isak a manos del Liverpool tras una larga saga de traspaso el año pasado.
Tras el empate 1-1 del Newcastle en un amistoso de pretemporada en Gateshead, Howe declaró: "No queremos perder a nuestros mejores jugadores.
He hablado con él (Guimaraes) como suelo hacer. Bruno es una persona fantástica. Hemos tenido muy buenas conversaciones, tanto antes del Mundial, como durante y después del Mundial.
No sé qué va a pasar con el futuro de Bruno. Eso es algo sobre lo que otros pueden especular, pero también son conversaciones en las que yo no participo".
Isak, de hecho, se declaró en rebeldía y se negó a participar en la pretemporada del Newcastle hace 12 meses, para forzar su salida a Anfield.
El Arsenal está interesado en Guimaraes después de decidir no igualar la oferta del Chelsea, que batió el récord británico con 117 millones de libras (136 millones de euros) por el delantero inglés Morgan Rogers.
Pero Howe confía en que el capitán del Newcastle, Guimaraes, decida quedarse en St James' Park.
"No hay nada que indique que Bruno no vaya a volver a entrenar con nosotros. Hay que analizar cada caso por separado", afirmó.
"Bruno es el capitán de nuestro club. Ha sido un jugador y una persona increíbles durante todo el tiempo que hemos trabajado juntos.
Hablo en nombre de todos en el club. Le tenemos un cariño enorme y, por supuesto, todos queremos que se quede".