Ito, que se rompió el metatarsiano en julio tras llegar a Múnich y no regresó hasta el mes pasado, salió en el minuto 58 en la victoria del sábado por 3-2 sobre el St Pauli, pero se lesionó al final del partido.
"Ha sufrido la reaparición de una fractura en el metatarsiano derecho, según ha confirmado un escáner realizado por el equipo médico del FC Bayern ", informó el club en un comunicado.
"Ito, que llegó a Múnich procedente del VfB Stuttgart el pasado verano, no estará disponible para el Bayern durante un largo periodo de tiempo".
Es el tercer defensa descartado en los últimos días, tras las lesiones de Dayot Upamecano y Alphonso Davies mientras cumplían con su selección hace poco más de una semana.
El Bayern, líder de la Bundesliga con seis puntos de ventaja y siete partidos por disputar, se enfrentará al Inter de Milán el 8 de abril en la ida de los cuartos de final de la Liga de Campeones.
"La noticia de otra grave lesión de Hiroki nos afecta mucho a todos. Acaba de recuperarse tras meses de rehabilitación y ahora volverá a estar de baja durante mucho tiempo. Apenas podemos imaginar cómo se siente", declaró en un comunicado Max Eberl, miembro de la junta directiva deportiva del Bayern.
"Tras las lesiones de Alphonso Davies y Dayot Upamecano, ahora hemos perdido a un tercer defensa en un corto espacio de tiempo. Ahora aunaremos aún más nuestras fuerzas para seguir persiguiendo nuestros objetivos."