Pérez, que ha disputado 26 partidos con la selección de Argentina, estaba sin equipo desde el final de la temporada en su país, cuando terminó su etapa en River Plate. Ahora continuará su carrera en Argentinos Juniors, equipo que ha alcanzado los cuartos de final en el último torneo Clausura.
El mediocampista jugó en el Benfica entre 2012 y 2014, donde ganó dos ligas, una Copa de Portugal y una Copa de la Liga con el club de la Luz.
En Europa, Enzo Pérez también ha defendido los colores del Valencia, aunque la mayor parte de su carrera la ha desarrollado en Argentina, principalmente con las camisetas de Estudiantes y River Plate, logrando la Copa Libertadores con ambos clubes.