El atacante de la selección tica abrió el marcador en el minuto 13 con un derechazo desde fuera del área directo a la escuadra.
En el 50', el jugador centroamericano aprovechó un flagrante error del arquero paraguayo Carlos Coronel para hacerse con la pelota en el balcón del área de Red Bulls y habilitar al argentino Maxi Moralez, que anotó a puerta vacía.
Durante el descuento, Martínez estuvo cerca de redondear su recital con un trallazo lejano que se estrelló en el larguero.
El atacante, de 26 años, suma siete goles en 13 jornadas para el New York City, que ocupa la sexta posición de la Conferencia Este con 21 puntos.
De su parte Red Bulls, vigente subcampeón de liga, es 10º con 18 unidades.
En otro duelo de la llamada "Semana de rivalidades" de la MLS, el Toronto goleó (1-6) al también canadiense Montreal.
El italiano Federico Bernardeschi, exjugador de la Juventus, y el canadiense Theo Corbeanu firmaron dobletes para Toronto, que también contó con dianas del trinitense Tyrese Spicer y del noruego Ola Brynhildsen.
El albanés Giacomo Vrioni anotó el único tanto de Montreal, que jugó con 10 futbolistas desde el minuto 21 por la expulsión del defensa canadiense Joel Waterman.