La habitual genialidad de Messi, tras zafarse de tres defensores en el minuto 83, bastó para asegurar los tres puntos. Cuatro minutos después, un gol en propia meta de su compañero Ian Fray fue anulado por un fuera de juego milimétrico.
La superestrella argentina, de 39 años, también dio una asistencia improvisada con la parte posterior de la cabeza para German Berterame, después de que Daniel Gazdag adelantara a New England al inicio de la segunda parte.
La victoria permitió a Miami aventajar en un punto a New England Revolution a falta de un partido. Así, una victoria contra Charlotte el sábado garantizará la ventaja de campo hasta las finales de conferencia.
Además, el resultado aseguró la presencia de Miami en la Copa de Campeones de la Concacaf de la próxima temporada.
«Fue una ocasión tan importante... Es un equipo muy duro, realmente difícil, así que creo que ha sido un esfuerzo tremendo», dijo Berterame.
Tras una primera parte sin goles, el jugador de New England Peyton Miller se internó por la banda derecha hasta la línea de fondo en el minuto 53. Su pase atrás fue rematado de tacón por Ilay Feingold hacia Gazdag, que fusiló al fondo de la red.
Miami rozó el empate poco después de cumplirse la hora de juego. Berterame siguió la jugada tras un disparo de Messi detenido por Matt Turner, pero su remate fue despejado sobre la línea por Brooklyn Raines.
En el minuto 69, Telasco Segovia elevó el balón hacia el área en dirección a Messi. El argentino avanzaba entre dos defensores y, de algún modo, cabeceó a ciegas con la parte posterior de la cabeza para asistir a Berterame, que marcó.
Messi también apareció en el marcador en el minuto 83. Recibió el balón justo fuera de la media luna, se giró y se zafó de tres entradas antes de envolver el esférico con su zurda y enviarlo raso a la escuadra lejana, lejos del alcance de Turner, portero de la selección estadounidense.
New England creyó haber recibido el empate a tres minutos del final.
Fray cabeceó inexplicablemente a su propia portería un centro bombeado de Luca Langoni sin que nadie le presionara, pero el suplente de New England estaba en fuera de juego, según determinó la revisión de vídeo.
El domingo también quedaron definidas las últimas plazas de los playoffs de la Conferencia Este.
Columbus Crew y Orlando City se clasificaron después de que New York Red Bulls, décimo clasificado, perdiera por 3-2 ante el líder destacado Nashville.
El gol de Sam Sturridge en el tiempo añadido selló la remontada de Nashville, que perdía por 2-0. El equipo ha igualado el récord de puntos de la historia de la MLS, con 74, a falta todavía de un partido.
Además, Nashville alzó el domingo el trofeo Supporters' Shield en su estadio Geodis Park, donde no ha perdido en todo el año. Se convirtió así en el primer equipo en la historia de la MLS con 15 victorias como local.
Los equipos mejor clasificados conservarán la ventaja de campo durante los playoffs hasta la final de la MLS, que se disputará el 18 de diciembre.