El futbolista de 29 años, que ya estuvo ausente la mayor parte de la temporada pasada por una grave lesión de rodilla, tuvo que abandonar el terreno de juego en la primera parte de la victoria 1-0 de City ante Brentford el 5 de octubre, antes de causar baja en la convocatoria de España para los clasificatorios al Mundial.
Tampoco ha estado en la victoria 2-0 en casa de City frente al Everton el sábado.
"No lo creo ni para el Villarreal ni para el Aston Villa", declaró Guardiola a medios británicos. "No es mucho tiempo, pero es una lesión muscular y hay que tener precaución.
Hemos intentado muchas veces no arriesgar, pero no lo hemos conseguido. Así que veremos qué pasa."
El City visita el martes al antiguo club de Rodri, el Villarreal, en la Champions League, antes de medirse al Villa en la Premier League el domingo.
El equipo de Guardiola es segundo en la liga con 16 puntos tras ocho jornadas, a tres del líder, el Arsenal.